Cała historia zaczyna się w intro pierwszego odcinka. Od razu można wywnioskować, iż karty z Vestroi zaczęły spadać z nieba niespodziewanie – na każdy rejon na świecie. Dzieciaki z całego świata uważały je za niezbyt szkodliwe więc ich najinteligentniejsza grupa wymyśliła grę, którą nazwali Bakugan. Powstał ranking najlepszych graczy. Z samego początku na szczycie znajdował się Shun Kazami. Bakugany to potężne istoty, zamknięte w kulach, które po wyrzuceniu na pole bitwy przyjmują swą prawdziwą postać. Każdy z nich ma własną domenę mocy, czyli żywioł, w którym się specjalizuje. Istnieje sześć takich domen, mianowicie: Pyrus – ogień, Haos – światło, Ventus – wiatr, Aquos – woda, Darkus – ciemność, oraz Subterra – ziemia. W pierwszych tygodniach gry to wszystko było tylko i wyłącznie zabawą dla wszystkich. Jednak pewnego dnia pojawił się Maskarad. Zamaskowany gracz, który używa domeny Darkusa, a także Kart Zagłady. Każdy, kto z nim zagrał przegrał, a on za pomocą ów karty wysyłał Bakugany przegranego do Wymiaru Zagłady, z którego nie może się wydostać. Ważne jest również to, iż młody gracz Bakugana – Daniel Kuso – podczas walki z jednym ze 'znajomych' mu graczy, przenosi się jakby duchem i ciałem do Vestroii – świata, z którego pochodzą Bakugany. Widzi tam walkę Dragonoida Pyrusa i Kosiarza Strachu Darkusa. Walka nagle przenosi się na Pole Bitwy Dana i jego przeciwnika. Dragonoid dostaje się w ręce Dana. Ów Bakugan potrafi mówić, lecz z początku nie jest przekonany do nastolatka. Parę tygodni wcześniej Daniel założył wraz z internetowymi przyjaciółmi grupę Młodych Wojowników Bakugan (w których skład wchodzą: Daniel Kuso, Runo Misaki, Shun Kazami, Marucho Marokuro, Alice Gehabich, Julie Makimoto, a w połowie serii także Joe Brown). Z pomocą Dragonoida – którego zwą Drago – cały zespół wszystko zrozumiał. Wiedzieli, że muszą powstrzymać Maskarada, przemienionego przez złą energię Vestroii, dziadka Alice Miquela, zwanego Hal-G, i głównym wrogiem – Bakuganowi Naga. Razem Młodzi Wojownicy znajdują 'swojego rozmawiającego Bakugana' i walczą przeciw ww. osobom, by na koniec dotrzeć do Nagi, zniszczyć go i uratować zarówno Świat Ludzi, jak i Vestroię, przed totalną zagładą,